În noiembrie 2011, prin HG nr. 1135/2011, Guvernul României a amendat HG nr. 759/2007 privind regulile de eligibilitate a cheltuielilor efectuate în cadrul operaţiunilor finanţate prin programele operaţionale, transformând taxa pe valoare adăugată aferentă proiectelor finanţate din fonduri structurale dintr-o cheltuială preponderent neeligibilă, într-una potenţial eligibilă începând cu 1 ianuarie 2012.

Prin HG 1135/2011, cheltuiala cu taxa pe valoarea adăugată nedeductibilă devine „eligibilă pentru toate programele operaţionale finanţate din instrumente structurale” cu excepţia cazurilor temeinic justificate când guvernul poate dispune diferit. Pentru a fi eligibilă, cheltuiala prevăzută trebuie să fie aferentă unor cheltuieli eligibile efectuate în cadrul proiectelor finanţate din instrumente structurale.
În vederea rambursării cheltuielilor eligibile, beneficiarii au obligaţia depunerii, ca anexă a fiecărei cereri de rambursare, a unei declaraţii pe propria răspundere privind nedeductibilitatea taxei pe valoarea adăugată aferentă cheltuielilor cuprinse în cererea de rambursare, certificată de organul fiscal competent din subordinea Agenţiei Naţionale de Administrare Fiscală.
Fiecare autoritate de management urmează să transmită guvernului spre aprobare eventualele excepţii, fie că este vorba de exceptarea în întregime a programelor, fie că este vorba de exceptarea unor măsuri din cadrul programelor.
Această hotărâre produce schimbări considerabile, atât la nivel individual, cât şi la nivel naţional. Pentru beneficiari ar fi un aspect pozitiv deoarece li s-ar reduce considerabil nivelul cheltuielilor neeligibile, incapacitatea de plată a contribuţiei proprii şi a cheltuielilor neeligibile fiind una dintre principalele cauze care periclitează accederea beneficiarilor la fondurile structurale. În ceea ce priveşte impactul la nivel naţional, acesta se referă, pe de-o parte la creşterea gradului de absorbţie ca urmare a reducerii presiunii financiare asupra beneficiarilor, însă, pe de altă parte, la reducerea numărului de proiecte ce vor putea fi finanţate ca urmare reducerii fondurilor comunitare disponibile prin suportarea TVA-ului din aceste fonduri.
În 23 februarie 2012, guvernul a publicat un anunţ conform căruia pentru proiectele depuse începând cu data de 1 ianuarie 2012, cheltuiala cu taxa pe valoarea adăugată nedeductibilă este eligibilă pentru toate programele operaţionale finanţate din instrumente structural, fără nici o excepţie.
Dispoziţiile HG 1135/2011 modifică şi completează și ghidurile solicitantului aferente apelurilor de proiecte active în cadrul cărora sunt prevăzute depuneri de proiecte în cadrul POSCCE începând cu data de 1 ianuarie 2012, respectiv operaţiunile 1.1.2 – Standardizare şi 1.1.1.A2 – Investiţii mici.